Miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego przyjmowany jest w drodze uchwały rady gminy, która może zostać zaskarżona do sądu administracyjnego przez wojewodę bądź inny podmiot, mający interes prawny, w każdym czasie, a jeśli sąd ten ustali, że naruszono zasady bądź rażąco naruszono tryb sporządzenia planu miejscowego, może stwierdzić jego nieważność. Prawomocne orzeczenie sądu administracyjnego stwierdzające nieważność tego aktu skutkuje jego wyeliminowaniem z porządku prawnego ze skutkiem na przeszłość, to jest od daty jego wejścia w życie. Oznacza to, że dla oceny prawnej prawidłowości wydania wszelkich decyzji administracyjnych przyjmuje się, że dany akt nigdy nie istniał, tj. nie miał mocy obowiązującej.
Zgodnie z odpowiednimi przepisami prawa, rozstrzygnięcia w sprawach indywidualnych – a więc decyzje administracyjne – wydane na podstawie uchwały rady gminy, której nieważność stwierdził sąd administracyjny, podlegają wzruszeniu w trybie określonym w postępowaniu administracyjnym albo w postępowaniu szczególnym. Żaden przepis kodeksu postępowania administracyjnego ani innego aktu prawnego nie reguluje jednak wprost trybu, w jakim miałoby nastąpić wzruszenie odpowiednich decyzji. Stan ten długo uznawany był za lukę prawną, chroniąc inwestora, nie mającego przecież formalnie wpływu na procedurę uchwalania planu miejscowego, przed negatywnymi skutkami jego wad prawnych.
W ostatnim czasie pojawiły się jednak orzeczenia Naczelnego Sądu Administracyjnego oraz wojewódzkich sądów administracyjnych, przyjmujące, iż decyzje administracyjne wydane w oparciu o miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego, którego nieważność stwierdzono po wydaniu tych decyzji, mogą być uznane za nieważne na podstawie art. 156 § 1 pkt 2) kpa, jako wydane bez podstawy prawnej (m.in. wyrok NSA z dnia 25 maja 2012 r., sygn. akt II OSK 400/11, wyrok WSA w Gdańsku z dnia 6 lutego 2013 r., sygn. akt II SA/Gd 776/12, wyrok WSA w Warszawie z dnia 23 lipca 2013 r., sygn. akt VII SA/Wa 483/13, wyrok WSA w Krakowie z dnia 9 sierpnia 2012 r., sygn. akt II SA/Kr 871/12). Sądy administracyjne argumentują, iż plan miejscowy stanowi element podstawy prawnej decyzji w zakresie planowania przestrzennego, zaś stwierdzenie jego nieważności ze skutkiem wstecznym prowadzi do uznania, że w dacie wydawania decyzji administracyjnej nie obowiązywały określone w nieważnym akcie warunki zagospodarowania przestrzennego, do których odnosi się ta decyzja. Orzeczenia te odwołują się ponadto do wykładni dokonanej przez Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale rozszerzonego składu siedmiu sędziów NSA z dnia 13 listopada 2012 r. o sygn. akt I OPS 2/12, w której NSA przeanalizował w ujęciu historycznym istotę i konsekwencje prawne stwierdzenia nieważności aktu prawnego ze skutkiem wstecznym.
Decyzja o pozwoleniu na budowę wydawana jest pod warunkiem zgodności danej inwestycji z warunkami zagospodarowania przestrzennego. W myśl zatem przedstawionego powyżej poglądu wyrażanego ostatnio w orzecznictwie, stwierdzenie nieważności planu miejscowego po wydaniu takiej decyzji skutkuje wyeliminowaniem, ze skutkiem wstecznym, fragmentu podstawy prawnej rozstrzygnięcia zawartego w decyzji o pozwoleniu na budowę. Sytuację tę należy oceniać tak, jakby plan miejscowy nigdy nie istniał, a zatem przedmiotowa decyzja o pozwoleniu na budowę została wydana bez podstawy prawnej, tzn. bez ustalenia warunków zagospodarowania przestrzennego dla inwestycji. Powyższe stanowi z kolei podstawę do stwierdzenia nieważności decyzji o pozwoleniu na budowę. Zauważyć należy, iż wskazana tendencja w orzecznictwie wpływa niekorzystnie na stabilność i przewidywalność procesu inwestycyjnego. W szczególności, stwierdzenie nieważności planu miejscowego nawet ze względów formalnych (np. niewłaściwa skala załącznika graficznego do planu – mapki terenu) może prowadzić do wstrzymania prac budowlanych bądź nawet wstrzymania użytkowania inwestycji, wobec której wymagane będzie przeprowadzenie postępowania naprawczego.