24 października 2011 r. Naczelny Sąd Administracyjny (dalej „NSA”) podjął uchwałę dotyczącą opodatkowania abonamentów medycznych finansowanych przez pracodawcę (sygn. akt II FPS 7/10). NSA stwierdził, że pracodawca ma obowiązek doliczenia wartości abonamentów medycznych do przychodów pracownika ze stosunku pracy, od których odprowadza się składki na podatek dochodowy od osób fizycznych.
Według NSA abonament medyczny stanowi nieodpłatne świadczenie, które ma istotny wymiar finansowy. Przychód z tego tytułu powstaje w momencie otrzymania uprawnienia do korzystania z abonamentu medycznego, bez względu na to czy pracownik skorzysta z konkretnej usługi medycznej. Przy ustalaniu zindywidualizowanego przychodu przypadającego na jednego pracownika, jako punkt odniesienia powinno się potraktować cenę zakupu pakietu. W przypadku, gdy w firmie abonamenty medyczne opłacane są dla wszystkich pracowników w formie ryczałtu, najprostszą metodą będzie podzielenie wartości całościowej odpłatności ryczałtowej ponoszonej przez pracodawcę przez liczbę pracowników uprawnionych do korzystania z abonamentu.
U przedsiębiorcy, który do tej pory nie odprowadzał za pracowników podatku od pakietów medycznych, powstaje natomiast zaległość podatkowa. Taki przedsiębiorca powinien skorygować deklarację PIT- 4R oraz PIT-11 i odprowadzić zaległy podatek dochodowy na rachunek właściwego organu podatkowego wraz z odsetkami za zwłokę. Niedopełnienie wskazanych czynności skutkować może wszczęciem postępowania podatkowego oraz wydaniem decyzji o odpowiedzialności podatkowej płatnika. Jednak w uzasadnionych przypadkach, na wniosek podatnika, naczelnik urzędu skarbowego może odroczyć, rozłożyć na raty lub umorzyć w całości lub w części zapłatę zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę. Jednocześnie, odpowiedzialność płatnika za zobowiązanie podatkowe ustaje po upływie pięciu lat licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności.
Podjęta przez NSA uchwała dotycząca opodatkowania pakietów medycznych ma także znaczenie dla ich oskładkowania, gdyż podstawą wymiaru składek na ubezpieczenie społeczne jest przychód pracownika w rozumieniu ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Skoro NSA rozstrzygnął, że abonamenty medyczne wykupione przez pracodawcę stanowią przychód, to będą one wchodziły do podstawy wymiaru składek na ubezpieczenie społeczne i zdrowotne. Płatnik winien zatem dodać wartość abonamentu do innych przychodów zatrudnionego i od uzyskanej sumy potrącić i opłacić składki, które musi wykazać w imiennym raporcie miesięcznym ZUS RCA za miesiąc, kiedy opłacił abonament za pracownika. Jeżeli płatnik wcześniej nie uwzględniał w podstawie wymiaru składek opłacanych pracownikom pakietów medycznych, to powinien sporządzić i przesłać korekty do ZUS. W omawianym przypadku zaległości należy zapłacić za 10 ostatnich lat.
Warto jednak pamiętać, iż od obowiązku oskładkowania pakietów medycznych istnieją pewne wyjątki. Po pierwsze, zgodnie z par. 2 ust. 1 pkt 24 rozporządzenia Ministra Pracy i Polityki Społecznej z dnia 18.12.1998 r. w sprawie szczegółowych zasad ustalania podstawy wymiaru składek na ubezpieczenia emerytalne i rentowe, nie odprowadza się składek od abonamentu, jeżeli w myśl postanowień układów zbiorowych pracy lub przepisów o wynagradzaniu, pracownik zachowuje do niego prawo w okresie pobierania wynagrodzenia za czas niezdolności do pracy, zasiłku chorobowego, macierzyńskiego, opiekuńczego, świadczenia rehabilitacyjnego, pod warunkiem, że w okresie pobierania tego wynagrodzenia lub zasiłku pracownik może faktycznie z niego korzystać. Istotne jest, że układ zbiorowy pracy lub przepisy o wynagradzaniu muszą wprost przewidywać możliwość korzystania z pakietu medycznego w czasie przebywania na którymś z wyżej wymienionych świadczeń. Po drugie, par. 2 ust. 1 pkt 26 wspomnianego rozporządzenia przewiduje, że płatnik nie jest zobowiązany do odprowadzania składek od korzyści materialnych wynikających z układów zbiorowych pracy, regulaminów wynagradzania lub przepisów o wynagradzaniu, a polegających na uprawnieniu do zakupu po cenach niższych niż detaliczne niektórych artykułów, przedmiotów lub usług.